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虛擬存儲(chǔ)網(wǎng)絡(luò)解決復(fù)制和存儲(chǔ)DNA的需求
 更新時(shí)間:2008-1-4 10:41:44  ( 編輯:映君 )   

  斯坦福醫(yī)學(xué)院斯坦;蚪M技術(shù)中心(Stanford Genome Technology Center,SGTC)獨(dú)立研究員Mostafa Ronaghi是一位有名的生物工藝學(xué)專家,他在DNA測(cè)序方面獲得了多項(xiàng)專利證書,并且研究出一種名為Pyrosequencing(焦磷酸定序)的技術(shù),利用這種技術(shù)方法可以對(duì)人類基因組進(jìn)行測(cè)序。然而說(shuō)到數(shù)據(jù)存儲(chǔ),Ronaghi卻不是專家了。

  Ronaghi談到他們SGTC研究小組時(shí)說(shuō):“我們是生物學(xué)家,對(duì)存儲(chǔ)軟件知之甚少,在遇到有關(guān)存儲(chǔ)技術(shù)的難題時(shí)就變得非常急躁!

  所以當(dāng)Ronaghi在為SGTC小組的DNA Pyrosequencing Machine產(chǎn)生的大量數(shù)據(jù)文件尋求一種安全的存儲(chǔ)和復(fù)制方法時(shí),他向廠商明確表示所選方案必須是易用、易擴(kuò)展、存儲(chǔ)數(shù)據(jù)易讀取的。

  超高像素圖像(Ultra-hi-res)存儲(chǔ)

  對(duì)Ronaghi來(lái)說(shuō),超高像素圖像存儲(chǔ)解決方案應(yīng)該是將原始容量為60GB到70GB之間的數(shù)據(jù)進(jìn)行處理,之后以33MB到160MB左右的容量進(jìn)行存儲(chǔ)。這些非常珍貴的圖像數(shù)據(jù)資料需要被妥善地保存并且至少保留一個(gè)備份,確保信息信息在設(shè)備發(fā)生故障的時(shí)候可以安全保存下來(lái),使Ronaghi和他的研究小組可以在與其他科研機(jī)構(gòu)的合作者共享數(shù)據(jù)資源。
 
  此前SGTC正在使用一種歸檔系統(tǒng)來(lái)存儲(chǔ)他數(shù)據(jù)密集文件和超高像素圖像數(shù)據(jù)。Ronaghi表示:“但是搜索這些數(shù)據(jù)是一個(gè)令人頭疼的問(wèn)題!碑(dāng)他們想要讀取這些數(shù)據(jù)文件的時(shí)候系統(tǒng)速度就變得非常慢。因此Ronaghi也想尋求一種更好的解決方案。

  2006年Ronaghi聽說(shuō)了Parascale,Parascale正在開發(fā)一種可以在x86 Linux和戴爾服務(wù)器等常用系統(tǒng)或設(shè)備上運(yùn)行的虛擬存儲(chǔ)網(wǎng)絡(luò)(VSN)。Ronaghi與Parascale取得了聯(lián)系,因此當(dāng)VSN上市的時(shí)候,Ronaghi成了Parascale的第一個(gè)用戶。

  Ronaghi在2007年秋季采用了VSN以來(lái)就一直對(duì)它的表現(xiàn)非常滿意。

  Ronaghi表示,VSN的安裝非常簡(jiǎn)便,就像使用一般的軟件一樣。他說(shuō):“VSN有一個(gè)非常不錯(cuò)的用戶圖形界面,使用非常簡(jiǎn)便,所以我們可以檢測(cè)出硬件設(shè)備上的工作負(fù)載情況。我們可以自己制定規(guī)則,至少保留數(shù)據(jù)三到四份備份。因此,如果我們有兩個(gè)磁盤驅(qū)動(dòng)器或者兩臺(tái)服務(wù)器發(fā)生故障的話,我們完全不必?fù)?dān)心丟失數(shù)據(jù)!

  Ronaghi還對(duì)VSN能夠在SGTC小組的戴爾x86服務(wù)器上運(yùn)行感到非常滿意,這意味著他們不必去購(gòu)買額外的硬件設(shè)備或者應(yīng)用,并且可以在必要的時(shí)候進(jìn)行拓展。目前,SGTC已經(jīng)可以存儲(chǔ)容量達(dá)3TB的數(shù)據(jù),但是他們還將在2008年上半年將系統(tǒng)容量拓展到可以存儲(chǔ)10TB的數(shù)據(jù)。

  除了以上提到的可以幫助SGTC將容量拓展到他們所需水平的特點(diǎn)之外,Parascale VSM的另一大特點(diǎn)就是處理速度非?。Ronaghi表示:“這對(duì)我們來(lái)說(shuō)非常特別,因?yàn)橛辛藲w檔系統(tǒng)之后,你可能只需要拓展系統(tǒng)而不必同時(shí)拓展帶寬。”他說(shuō),有了VSN用戶讀取數(shù)據(jù)時(shí)系統(tǒng)的速度就不會(huì)慢下來(lái),為用戶的使用提供了很大的便利。

  可擴(kuò)展的解決方案

  Parascale VSN與其它存儲(chǔ)廠商的解決方案的不同之處在于Parascale VSN的可拓展性、可以存儲(chǔ)超高像素圖像等容量較大的文件、以及可以使用x86服務(wù)器上的軟件等特點(diǎn)。

  Parascale首席執(zhí)行官Bill Evans表示:“我們提供了業(yè)內(nèi)唯一一套可以在業(yè)內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)硬件上配置文件系統(tǒng)的存儲(chǔ)解決方案。其他一些方案是要求NAS設(shè)備或者SAN的,但是所有這些產(chǎn)品都是用戶定制的硬件與軟件融合的解決方案。你可以在任何一款Best Buy(美國(guó)家電連鎖巨頭)購(gòu)買的計(jì)算機(jī)上運(yùn)行我們的軟件。”

  Evans表示:“斯坦;蚪M技術(shù)中心面臨的挑戰(zhàn)之一就是容量非常大的超高像素圖像。他們不必采用一種顛覆式的升級(jí)方法(比如用存儲(chǔ)容量50TB的NAS或者SAN設(shè)備替代原先容量10TB的設(shè)備,年年周而復(fù)始……),現(xiàn)在他們只要通過(guò)網(wǎng)絡(luò)就可以大大拓展存儲(chǔ)空間——因?yàn)槲覀兲峁┑氖且粋(gè)網(wǎng)絡(luò)方案而不是一個(gè)應(yīng)用方案。所以,如果他們配置了我們提供的三個(gè)存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn),他們就可以在每個(gè)存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn)上增加更多的存儲(chǔ)空間或者增加更多的存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn),這些多不會(huì)對(duì)目前的配置操作產(chǎn)生任何影響,最大的好處是不必再進(jìn)行原來(lái)那種顛覆式的升級(jí)操作了。”這些都將為像SGTC這樣的用戶節(jié)省下大量的成本資金。

  談到那些潛在的Parascale用戶,Evans表示:“一旦你需要更多的服務(wù)器來(lái)管理存儲(chǔ)的時(shí)候,我們就是你們的最佳選擇。更確切地說(shuō),我們的解決方案適用于那些數(shù)據(jù)存儲(chǔ)容量至少3TB、使用x86服務(wù)器、接受這種存儲(chǔ)拓展方式的企業(yè)用戶!



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